闇時計の利用方法のひとつとして、深夜０時の約束の０時(闇時刻)を
知ることができる、というのがあると思うのですが、死の町Ｄ16Ｆの
棺からマーガレット部屋に入れるようになる時刻が、闇時計の０時から
ずれてしまっています。

棺からマーガレット部屋に移動できる時刻そのものがずれているので
あればしょうがないと思いますが、もし改良する機会がありましたら
マーガレット部屋に移動できるようになる時刻と、闇時計の０時を
調整して合わせていただくことはできないでしょうか？

> マーガレット部屋に移動できるようになる時刻と、闇時計の０時を
> 調整して合わせていただくことはできないでしょうか？

WEB版闇時計を閲覧しているパソコンの時計を元に計算していますので
ご自身のパソコンの時計を調整すれば解決できるかと思います。

ゲーム内の時間は、少しずつ遅れていく傾向にあるようです。これは闇サーバの時計の誤差によるものだと考えられます。
セオ時刻(闇時刻)はサーバのリアル時刻から計算されていると思いますので、サーバのリアル時間が遅れていればセオ時間も遅れます。
ルケシオン島の予約の時に分かるんですが、現在はリアル時間で１分〜２分程度遅れているようです。

闇時計では、闇時計を動かしているPCの時刻を利用してセオ時刻を算出しているので、そのPCの時刻と闇サーバの時刻が一致しない限り、ゲーム内の正確なセオ時間にはなりません。大よその目安と思ってください。
(リアル時間で１分のずれは、セオ時間で８分のずれになります。)

メンテナンス時や時間と共にずれるので、正確なずれを測るのは難しいです。